目前，在古DNA研究领域，高通量测序技术广泛应用。高通量测序又叫“二代测序”，是一种快速测定大量DNA序列的技术。
在高通量测序普及之前，古DNA研究领域只能依赖聚合酶链式反应(PCR)技术测定少数特定DNA片段的序列。“PCR技术获取的DNA信息极其有限，而且难以区分真正的古DNA和污染DNA。”付巧妹说。
而高通量测序技术理论上能测序样本中所有DNA分子的信息，且成本逐年降低。即使古DNA含量极低，高通量测序也能很有效地对其进行测序。“不仅如此，通过生物信息学手段，我们还能快速检测样本中是否存在古DNA损伤，从而达到鉴别古DNA的目的。”付巧妹强调。
当前，尽管高通量测序已能较为有效地测序古DNA，但由于古DNA提取物中常常包含大量污染DNA，使得测序的大部分DNA分子都是无用的信息，真正有用的古DNA序列常常只占测序数据的1%不到。
对此，研究人员研发出一种DNA捕获技术，通过设计DNA或RNA探针，像钓鱼一样把目标古DNA从海量的污染DNA中“钓取”出来。这项技术被广泛应用于人类古基因组研究中。
